義務教育期間の小・中等部の子ども達は、地元の公立学校に学籍をおきます。入学時に、各家庭で保護者が地元の公立学校の校長先生と面談し、学籍を認めていただけるようにお願いします。必要な場合、どんぐり自然学校の教師が在籍校に出向いて説明させていただくこともあります。
年度始めには、どんぐり自然学校から在籍校や教育委員会にご挨拶に出向きます。入学後も、保護者が定期的に子ども達の学びの様子を報告するなど、関係を積極的に築いていきます。また、学習発表会などを案内し、実際に子ども達の姿を見ていただけるように働きかけています。